Hasil Analisis Pembentukan Struktur sekunder dan tersier pada protein

Hallo Kita bertemu lagi ya gengs dipostingan ke 15 ini, nah untuk postingan ini saya akan membahas mengenai  Pembentukan Struktur sekunder dan tersier pada protein. jadi gengs di dalam protein juga terdapat strukturnya ya seperti primer, sekunder, terseier dan kuatener. dari masing-masing strukturnya pasti memiliki perbedaan. jadi, untuk kali ini saya akan membahas pembentukan struktur protein khususnya sekunder dan tersier. 

nah disini saya akan menjelaskan pengertian dari setiap strukturnya

Struktur primer adalah  Susunan linier asam amino dalam protein merupakan. Susunan tersebut merupakan suatu rangkain unik dari asam amino yang menentukan sifat dasar dari berbagai protein, dan secara umum menentukan bentuk struktur sekunder dan tersier. struktur sekunder adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen.struktur tersier Struktur  yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder. Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener.

Struktur primer
Struktur ini terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan satu sama lain secara kovalen melalui ikatan peptida.

.

Struktur sekunder

Protein sudah mengalami interaksi intermolekul, melalui rantai samping asam amino. Ikatan yang membentuk struktur ini, didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. Ada dua jenis struktur sekunder, yaitu: alfa-heliks dan beta-sheet.

Struktur Tersier
Terbentuk karena adanya pelipatan membentuk struktur yangkompleks. Pelipatan distabilkan oleh ikatan hidrogen, ikatan disulfida,interaksi ionik, ikatan hidrofobik, ikatan hidrofilik.Struktur tersier menggambarkan pengaturan ruang residu asam amino yang berjauhan dalam urutan linier dan pola ikatan-ikatan disulfida. Perbedaan antara struktur sekunder dan tersier tidaklah terlalu jelas. Kolagen memperlihatkan tipe khusus suatu heliks dan merupakan protein yang paling banyak ditemukan pada mamalia. Kolagen merupakan komponen serat utama dalam kulit, tulang, tendon, tulang rawan dan gigi. Protein ekstrasel ini mengandung tiga rantai polipeptida berbentuk heliks, yang masing-masing sepanjang hampir 1000 residu. Urutan asam amino dalam kolagen sangat beraturan: tiap residu ketiga hampir selalu glisin. Dibanding dengan protein lain kandungan prolin dalam kolagen juga tinggi. Selanjutnya, kolagen mengandung 4-hidroksiprolin yang jarang ditemukan dalam protein lain. Urutan glisin-prolin-hidroksiprolin (Gly-Pro-Hyp) sering kali dijumpai.

permasalahan

1. mengapa perbedaan strutur sekunder dan tersier pada protein tidak terlalu jelas?

2. tolong saudara jelaskan mengapa struktur tersier berbentuk gumpalan ?

3. apa yang membedakan dari setiap struktur protein?
4. apa fungsi ikatan hidrogen pada struktur tersier?

Reaksi- reaksi spesifik pada Nukleotida

Hallo pembaca ku yang setia menunggu postingan tiap minggunya semoga dalam keadaan sehat yaa. Jadi, pada minggu ini saya akan membahas mengenai sebuah Nukleotida namun lebih mengarah ke reaksinya ya. Kuy scrol scrol. 

yuk kita intip pengertian dari suatu nukletida. jadi, menurut suatu artikel yang saya baca bahwa Nukleotida adalah unit susunan asam nukleat (DNA dan RNA). suatu asam nukleat ini mengandung sebuah rantai nukleotida yang dihubungkan dengan ikatan kovalen untuk membentuk gula-fosfat dengan basa nitrogen yang menonjol.  DNA mengandung dua rantai yang dapat dikatakan saling berputar satu sama lain dalam struktur heliks ganda . Kedua rantai di heliks ganda disatukan sepanjang panjangnya oleh ikatan hidrogen yang terbentuk di antara basa pada satu rantai dan basis di sisi lainnya.

Suatu molekul nukleotida terdiri dari nukleosida yang mana mengikat sebuah asam fosfat. dalam molekul nukleosida terdiri atas pentosa (deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa. sehingga, apabila suatu nukleoprotein dihidrolisis sempurna akan dihasilkan protein, asam fosfat, pentosa dan basa purin atau pirimidin. Bagan dibawah ini akan memperjelas hasil hidrolisis suatu nukleprotein.

Apabila suatu nukleotida diolimerisasikan  maka akan  membentuk asam nukleat, seperti DNA dan RNA. Setiap fosfat nukleotida yang telah bergabung dengan gula lain, akan membentuk gula-fosfat dengan basa nitrogen menggantung disamping. Sebuah nukleosida adalah bagian dari nukleotida yang terbuat dari gula dan basa, jadi kita bisa berbicara tentang nukleotida sebaga nukleosidaa ditambah fosfat. 

1. Sebuah monofosfat nukleosida adalah nukleotida yang mencakup satu fosfat.

2.    Sebuah difosfat nukleosida adalah nukleotida yang mencakup dua fosfat.

3.    Sebuah trifosfat nukleosida adalah nukleotida yang mencakup tiga fosfat.

Nukleotida dapat siklik (seperti siklik AMP), yang berarti bahwa alih-alih satu ikatan antara fosfat dan gula, fosfat terikat pada gula di dua tempat. Pikirkan memegang kedua tangan seorang teman, dari atas, lengan dan lengan teman Anda terlihat seperti lingkaran.

Komponen Nukleotida

Nukleotida selalu memiliki basa nitrogen, gula, dan satu atau lebih fosfat. Mari kita belajar tentang setiap bagian.
Basis nitrogen
Disebut basa untuk jangka pendek, ini mungkin adenin, timin, sitosin, guanin, atau urasil. Mereka diberi nama setelah fakta bahwa mereka basa, bukan asam, dan mereka masing-masing berisi beberapa atom nitrogen. Nukleotida dapat berpasangan satu sama lain: pasangan sitosin dengan guanin, dan pasangan adenin dengan timin (pada DNA) atau urasil (RNA).
Gula
Ada banyak jenis gula, namun ada dua yang penting di sini: Ribosa merupakan gula yang Anda akan melihatnya pada RNA. Ada versi ribosa yang memiliki atom oksigen yang hilang, dan kita menyebutnya gula deoksiribosa. Itulah jenis gula dalam nukleotida DNA. (Ingat bahwa DNA adalah singkatan dari Asam deoksiribonukleat.)
Fosfat
Fosfat adalah atom fosfor terikat empat atom oksigen. Ikatan antara fosfat adalah energi yang sangat tinggi dan bertindak sebagai bentuk penyimpanan energi. Ketika ikatan rusak, energi yang dihasilkan dapat digunakan untuk melakukan pekerjaan.

  Biosintesis Nukleotida

Perannya diantaranya membentuk DNA dan RNA. Membentuk UDP glukosa membentuk ATP dan GTP membentuk NAD, FAD dan membentuk cAMP. Nukleosida diantaranya adalah purin atau pirimidin yang terikat dengan pentosa. Sedangkan nukleotida adalah ester fosfat dari nukleosida. Basa purin pertama yaitu adenin dan guanin. Cincin purin diantaranya adalah glycin glutamin aspartat. Cincin pirimidin diantarany adalah aspartat dan carbomoilfosfat.  dalam biosintesis nukleotida ada 2 jalur. Yaitu

 a. jalur de novo Nukleus fosfat yang menyusun purin dan pirimidin berasal dari PRPP. Nah PRPP ini sendiri dari Ribosa 5 fosfat + ATP. Ribosa 5 fosfat berasal dari HMP shunt. PRPP ini sendiri akan diubah menjadi fosfo ribosil 1 amin. Dengan enzim amidofosforibosil transferase dengan bantuan glutamin sebagai pendonor NH3. Lalu melewati 10 rangakaian reaksi akan membentuk IMP. IMP ini sendiri akan membentuk adenilosuksinat dan xantilat. Nah adenilosuksinat akan membentuk AMP sedangkan xantilat akan membentuk GMP.

b. jalur salvage pathway (recycling) nah disini PRPP akan diubah menjadi purin-ribonukleotida. Contohnya Adenin + PRPP jadi adenilat + Ppi. 

 Manfaat Nukleotida

Nukleotida memiliki banyak fungsi dalam sel. Salah satu yang paling terkenal adalah fungsi mereka dalam asam nukleat: mereka membuat DNA, yang menyimpan informasi. Demikian juga, mereka membuat RNA, yang dapat membawa informasi atau dapat bertindak sebagai enzim.

Ketika asam nukleat yang dibuat, mereka harus dirakit dari bahan bangunan masing-masing. Bahan-bahan awal adalah trifosfat nukleosida. Dua fosfat dihapus sebagai nukleotida ditambahkan, energi dalam ikatan mereka diperlukan untuk melakukan pekerjaan melampirkan nukleotida baru.

Trifosfat nukleosida lain yang terkenal adalah ATP, atau adenosin trifosfat. Dalam respirasi sel, energi dari metabolisme makanan digunakan untuk melampirkan fosfat ketiga. Dengan cara ini, energi disimpan, seperti baterai, sampai diperlukan. Sebuah enzim dapat menghapus fosfat, dan menggunakan energi yang dihasilkan untuk menyalakan sebuah tindakan kecil dalam sel.

Beberapa nukleotida yang terlibat dalam komunikasi dalam sel, seperti siklik AMP, atau sebagai kofaktor untuk membantu kerja enzim, seperti koenzim A. Molekul-molekul ini dapat termasuk komponen lain selain standar dasar, gula, dan fosfat.

permasalahan 

1. berdasarkan artikel di atas tolong saudara jelaskan perbedan susunan asam nukleat?

2. tolong saudara jelaskan maanfaat dari suatu nukleotida dalam sel?

3. bagaimana perbedaan antara nuklesida purin dan pirimidin?

4. bagaimana komposisi kimia dari nukleosida dan nukleotida?

Penentuan stereokimia monosakarida

Hay hay welcome back semua. Bertemu lagi dengan saya, nah untuk postingan yang ke berapa ya? Yang ke 12 ini saya akan membahas mengenai sedikit penjelasan tentang penentuan stereokimia monosakarida ya gengs. Berhubung materinya sudah dijelaskan dipostingan 2 minggu yang lalu jadi sekarang kita lihat contohnya yuk, scrol scrol

Monosakarida merupakan sakarida paling sederhana yang tidak dapat diuraikan lagi menjadi molekul lebih sederhana secara hidrolisis. Gak perlu panjang lebar ya gengs kan sudah dijelasin dipertemuan minggu kemarin. Nah jadi gini Beberapa monosakarida ditunjukkan berdasarkan jumlah atom karbon, seperti berikut ini.
a. Treosa dan eritrosa merupakan suatu tetrosa.
b. Ribosa, arabinosa, xilosa, dan liksosa merupakan suatu pentosa.
c. Glukosa, manosa, galaktosa, dan fruktosa merupakan suatu heksosa.

Untuk contoh yang saya ambil kali ini saya mengambil treosa yang merupakan suatu tetrosa dimana memiliki 4 karbon

Permasalahan:
1. Jelaskan menurut pandangan saudara perbedaan L threose dan D threose?
2. Menurut pendapat anda bagaimana cara membedakan struktur proyeksi fisher dari threose dengan proyeksi howart !
3. Menurut anda dimana letak atom C kiral pada threose? Dan mengapa?
4. Bagimana perubahan proyeksi fisher ke proyeksi hawort apada Threose?

Reaksi-reaksi Spesifik Pada Protein

Hallo gengs kita ketemu lagi ya dengan materi yang berbeda tentunya. Nah untuk postingan yang ke 12 ini saya akan membahas mengenai reaksi-reaksi spesifik pada protein. Emm what do you think about protein?

Wah pasti jawabannya  bermacam-,macam ya gengs. Yuk simak penjelasan dibawah scroll-scrol

Gengs pernah kah kalian berfikir bahwa Kira-kira 50 % dari berat kering organisme yang hidup adalah protein loh wah lumayan banyak ya gengs.  dan protein bukan hanya sekedar bahan simpanan atau nahan struktural seperti halnya dengan polisakarida. Namun, fungsi protein sama banyaknya dengan variasi fungsi kehidupan itu sendiri.

            Nah ini ada info lagi gengs ternyata Protein tersusun dari berbagai asam amino yang masing-masing dihubungkan dengan ikatan peptida. Meskipun demikian, pada awal pembentukannya protein hanya tersusun dari 20 asam amino yang dikenal sebagai asam amino dasar atau asam amino baku atau asam amino penyusun protein (proteinogenik). Seperti halnya senyawa-senyawa lainnya, asam amino dan protein juga dapat mengalami reaksi-reaksi spesifik. Reaksi- reaksi spesifik pada asam amino dan protein pun ada beberapa macam antara lain reaksi dengan pereaksi millon, ninhidrin, nitroprussida, sistin, sistein.

Protein ini juga memiliki berbagai macam fungsi lo gengs nih penjelasannya Fungsi suatu protein selain sebagai bahan makanan tergantung sepenuhnyapada strukutur tiga dimensionalnya. Pada suatu protein dapat ditambahkan beberapa zat yang dapat merubah struktur sekunder, tersier, dan kuartener dari protein tersaebut. Sebagai contoh: konsentrasi ion yang tinggi dapat mematahkan ikatan S-S diantara cystein. Meskipun zat ini tidak berubah untuk memecahkan ikatan peptida, sehingga struktur primernya tidak berpengaruh, tetapi perlakuan ini dapat merusak sifat protein yang menyebabkan protein tersebut tidak berfungsi semestinya. Protein tersebut mengalami proses denaturasi. Sebagai contoh apabila lisozim di denaturasikan maka protein tersebut tidak dapat lagi merubah polisakarida seperti biasa. Denaturasi suatu enzim menyebabkan enzim itu tidak dapat berfungsi lagi.

Berdasarkan struktur molekulnya protein dibagi 4 macam lo gengs apakah ada yang tau??

1.    Struktur primer (struktur utama)

2.    Struktur sekunder

3.    Struktur Tersier

4.    Struktur Kuartener

Wah ternyata tidak hanya di alcohol saja ya diprotein juga memiliki berbagai macam bentuk struktur.

Nah gengs untuk analisis protein sendiri terdapat dua macam metode

1.      Secara kualitatif terdiri atas ; reaksi Xantoprotein, reaksi Hopkins-Cole,  reaksi Millon, reaksi Nitroprusida, dan reaksi Sakaguchi.

2.      Secara kuantitatif terdiri dari ; metode Kjeldahl, metode titrasi formol, metode Lowry, metode spektrofotometri visible (Biuret), dan metode spektrofotometri UV.

Nah untuk analisis kualitatifnya dapat dilihat dibawah ya gengs

Analisa Kualitatif

1. Reaksi Xantoprotein

Larutan asam nitrat pekat ditambahkan dengan hati-hati ke dalam larutan protein. Setelah dicampur terjadi endapan putih yang dapat berubah menjadi kuning apabila dipanaskan. Reaksi yang terjadi ialah nitrasi pada inti benzena yang terdapat pada molekul protein. Reaksi ini positif untuk protein yang mengandung tirosin, fenilalanin dan triptofan.

2. Reaksi Hopkins-Cole

Larutan protein yang mengandung triptofan dapat direaksikan dengan pereaksi Hopkins-Cole yang mengandung asam glioksilat. Pereaksi ini dibuat dari asam oksalat dengan serbuk magnesium dalam air. Setelah dicampur dengan pereaksi Hopkins-Cole, asam sulfat dituangkan perlahan-lahan sehingga membentuk lapisan di bawah larutan protein.

Beberapa saat kemudian akan terjadi cincin ungu pada batas antara kedua lapisan tersebut.

3. Reaksi Millon

Pereaksi Millon adalah larutan merkuro dan merkuri nitrat dalam asam nitrat. Apabila pereaksi ini ditambahkan pada larutan protein, akan menghasilkan endapan putih yang dapat berubah menjadi merah oleh pemanasan. Pada dasarnya reaksi ini positif untuk fenol-fenol, karena terbentuknya senyawa merkuri dengan gugus hidroksifenil yang

berwarna.

4. Reaksi Natriumnitroprusida

Natriumnitroprusida dalam larutan amoniak akan menghasilkan warna merah dengan protein yang mempunyai gugus –SH bebas. Jadi protein yang mengandung sistein dapat memberikan hasil positif.

5. Reaksi Sakaguchi

Pereaksi yang digunakan ialah naftol dan natriumhipobromit. Pada dasarnya reaksi ini memberikan hasil positif apabila ada gugus guanidin. Jadi arginin atau protein yang mengandung arginin dapat menghasilkan warna merah.

6. Metode Biuret

Larutan protein dibuat alkalis dengan NaOH kemudian ditambahka larutan CuSO4 encer. Uji ini untuk menunjukkan adanya senyawasenyawa yang mengandung gugus amida asam yang berada bersama gugus amida yang lain. Uji ini memberikan reaksi positif yaitu ditandai dengan timbulnya warna merah violet atau biru violet.

Permasalahan:

1.      Tolong saudara jelaskan perbedan dari masing-masing struktur protein?

2.      Apa yang mendasari perbedaan reaksi sakaguchi dengan metode buret? Jelaskan!

3.      Jelaskan menurut pandangan saudara bagaimana fungsi protein yang spesifik di dalam manusia?