Hallo Kita bertemu lagi ya gengs dipostingan ke 15 ini, nah untuk postingan ini saya akan membahas mengenai Pembentukan Struktur sekunder dan tersier pada protein. jadi gengs di dalam protein juga terdapat strukturnya ya seperti primer, sekunder, terseier dan kuatener. dari masing-masing strukturnya pasti memiliki perbedaan. jadi, untuk kali ini saya akan membahas pembentukan struktur protein khususnya sekunder dan tersier.
nah disini saya akan menjelaskan pengertian dari setiap strukturnya
Struktur primer adalah Susunan linier asam amino dalam protein merupakan. Susunan tersebut merupakan suatu rangkain unik dari asam amino yang menentukan sifat dasar dari berbagai protein, dan secara umum menentukan bentuk struktur sekunder dan tersier. struktur sekunder adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen.struktur tersier Struktur yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder. Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener.
Struktur primerStruktur ini terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan satu sama lain secara kovalen melalui ikatan peptida.
Struktur sekunder
Protein sudah mengalami interaksi intermolekul, melalui rantai samping asam amino. Ikatan yang membentuk struktur ini, didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. Ada dua jenis struktur sekunder, yaitu: alfa-heliks dan beta-sheet.
Terbentuk karena adanya pelipatan membentuk struktur yangkompleks. Pelipatan distabilkan oleh ikatan hidrogen, ikatan disulfida,interaksi ionik, ikatan hidrofobik, ikatan hidrofilik.Struktur tersier menggambarkan pengaturan ruang residu asam amino yang berjauhan dalam urutan linier dan pola ikatan-ikatan disulfida. Perbedaan antara struktur sekunder dan tersier tidaklah terlalu jelas. Kolagen memperlihatkan tipe khusus suatu heliks dan merupakan protein yang paling banyak ditemukan pada mamalia. Kolagen merupakan komponen serat utama dalam kulit, tulang, tendon, tulang rawan dan gigi. Protein ekstrasel ini mengandung tiga rantai polipeptida berbentuk heliks, yang masing-masing sepanjang hampir 1000 residu. Urutan asam amino dalam kolagen sangat beraturan: tiap residu ketiga hampir selalu glisin. Dibanding dengan protein lain kandungan prolin dalam kolagen juga tinggi. Selanjutnya, kolagen mengandung 4-hidroksiprolin yang jarang ditemukan dalam protein lain. Urutan glisin-prolin-hidroksiprolin (Gly-Pro-Hyp) sering kali dijumpai.
permasalahan
1. mengapa perbedaan strutur sekunder dan tersier pada protein tidak terlalu jelas?
2. tolong saudara jelaskan mengapa struktur tersier berbentuk gumpalan ?
3. apa yang membedakan dari setiap struktur protein?
4. apa fungsi ikatan hidrogen pada struktur tersier?
4. apa fungsi ikatan hidrogen pada struktur tersier?
Saya demiati akan membahas pertanyaan no.3 yang mana jika ditinjau secara keseluruhan perbedaan ketika jenis protein tersebut,dapat kita lihat dari bentuk protein yang terbentuk serta ikatan-ikatan yang ikut terlibat didalamnya. Berikut ini detailnya :
BalasHapus1. Struktur primer merupakan struktur yang sederhana dengan urutan-urutan asam amino yang tersusun secara linear yang mirip seperti tatanan huruf dalam sebuah kata dan tidak terjadi percabangan rantai (Gambar 4). Struktur primer terbentuk melalui ikatan antara gugus α–amino dengan gugus α–karboksil (Gambar 3). Ikatan tersebut dinamakan ikatan peptida atau ikatan amida (Berg et al., 2006; Lodish et al., 2003). Struktur ini dapat menentukan urutan suatu asam amino dari suatu polipeptida.
2.Struktur sekunder merupakan nama lain dari kumparan dan lipatan tersebut. Struktur sekunder terjadi karena adanya ikatan hidrogen di antara bagian-bagian berulang pada backbone polipeptida (bukan rantai samping polipeptida).
3. Kumpulan dari struktur sekunder yang menyusun protein disebut sebagai struktur tersier protein. Struktur tersier protein terjadi karena adanya interaksi hidrofobik. Interaksi hidrofobik ini disebabkan oleh hadirnya air dalam pembentukan polipeptida fungsional.
Saya desi ratna sari, akan menjawab permasalahan nomor 4. ikatan hidrogen dalam struktur untuk nukleasi sekunder struktural daerah (alpha dan beta).
BalasHapusSebagai contoh, atom hidrogen amida dapat membentuk H-ikatan dengan oksigen karbonil di sekitarnya; sebuah heliks alfa atau lembaran beta dapat zip up, diminta oleh struktur lokal kecil ini.
nama saya dolla mulyana harnas dewnagn nim A1C116080 akan mencoba menjawab nomor 2 karena Struktur tersier atau tingkat tiga dalam protein adalah gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder atau tingkat dua sehingga Struktur tersier biasanya berbentuk seperti sebuah gumpalan. Beberapa molekul protein bisa berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen yang kemudain membentuk oligomer yang stabil dan membentuk struktur kuartener.
BalasHapusSaya akan menjawab permasalahan nomor 1.protein sekunder Struktur sekunder protein bersifat reguler, pola lipatan berulang dari rangka protein. Pada struktur sekunder, protein sudah mengalami interaksi intermolekul, melalui rantai samping asam amino. Analisa defraksi sinar-X merupakan cara yang baik untuk mempelajari struktur sekunder protein serabut.
BalasHapusStruktur tersier terbentuk karena terjadinya perlipatan (folding) rantai α-helix, konformasi β, maupun gulungan rambang suatu polipeptida, membentuk globular, yang struktur tiga dimensiny lebih rumit daripada protein tersebut. Interaksi intra molekuler seperti ikatan hidrogen, ikatan ion, van der Waals, hidropobik turut menentukan orientasi struktur 3 dimensi dari protein.